针对上城区集体专利发展中存在的问题，本文杭州商标代理提出以下策略思考，以期为相关决策者和企业提供有益的参考。

一、完善权益分配机制

为解决权益分配不均的问题，应建立完善的权益分配机制。这包括明确各参与方的贡献度评估标准、制定公平合理的权益分配方案等。同时，加强法律法规宣传和培训，提高参与方的法律意识和维权能力，确保权益分配过程的公正性和透明度。

二、强化技术秘密保护

针对技术秘密保护不足的问题，应建立健全的技术秘密保护体系。这包括制定严格的信息保密制度、加强信息安全防护措施、建立技术秘密泄露应急响应机制等。同时，加强员工培训和意识教育，提高全员对技术秘密保护的认识和重视程度。

三、优化合作机制与沟通渠道

为改善合作机制不健全的问题，应优化合作机制与沟通渠道。这包括明确各方职责和权利、建立定期沟通机制、加强信息共享和资源整合等。同时，引入第三方机构进行协调和监督，确保合作过程的顺利进行。此外，还应注重培养团队成员之间的信任和合作精神，为长期合作奠定坚实基础。

四、加强市场调研与产品开发

针对市场应用前景不明朗的问题，应加强市场调研与产品开发工作。这包括密切关注市场动态和竞争环境、深入了解消费者需求和行为习惯等。同时，注重产品创新和差异化竞争策略的制定和实施，以提高集体专利的市场竞争力和应用前景。此外，还应加强与产业链上下游企业的合作与联动，共同推动集体专利的市场化进程。